NxPowerLiteデスクトップエディションのデフォルト設定では、軽量化済のファイルは元ファイルとは別のファイルとして保存されます。
しかし、保存時の設定を[元ファイルに上書き]に変更することで、元ファイルを上書きすることが可能です。

警告を表示するかどうかは、メニューの[編集] - [ファイル名]から設定ダイアログを開き、「元ファイルを上書きする際に警告を表示しない」オプションにて設定できます。

バージョン7以前では、元ファイルを上書きすることはできません。